Projekti istraživanja i zaštite prirode neupitna su vrijednost zooloških vrtova. Naše djelovanje na području zaštite životinjskih vrsta vidljivo je kroz mrežu aktivnosti unutar Europskog udruženja zooloških vrtova i akvarija koje obuhvaća 410 članova u 47 država Europe i Srednjeg Istoka. Globalno djelovanje na području zaštite životinja izuzetno nam je bitno, ali smatramo da je još bitnije za pravim vrijednostima posegnuti na lokalnoj razini. Stoga u suradnji sa srodnim institucijama inzistiramo na očuvanju prirode, kvalitetnijem životu i naprednijem načinu razmišljanja svih nas. Štoviše, želimo biti prepoznati kao istinska vrijednost koja se potvrđuje kroz vidljive, vrijedne i jasne rezultate rada za bolje sutra svake životinje, našeg okolišta i na koncu, svakog čovjeka.

SIGURAN LET
Jedna od najvećih prijetnji divljim vrstama ptica u urbanim sredinama su upravo različiti oblici staklenih površina. Ovim projektom Zoološki vrt grada Zagreba daj doprinos zaštiti divljih ptičjih vrsta na svom području te širi svoje edukativne dosege, podiže svijest javnosti o problemu i potiče građane da zaštite ptice oko svojih domova.

S.O.S. STORK HRVATSKA
U sklopu projekta označuju se jedinke bijelih roda satelitskim odašiljačima, pomoću kojih se prati njihovo kretanje. Cilj je prikupiti što više podataka o selidbenom putu bijelih roda, kako bi se utvrdile i smanjile prijetnje rodama i drugim pticama selicama na istočnom selidbenom putu te na područjima zimovanja.

ZAŠTITA RIJEČNE KORNJAČE (Mauremys rivulata)
Po završetku projekta Populacijska istraživanja riječne kornjače (Mauremys rivulata) na području Dubrovačko-neretvanske županije, nastavljene su aktivnosti na području zaštite ove ugrožene vrste u Hrvatskoj. U Zoološkom vrtu provode se reproduktivna istraživanja gravidnih ženki, prikupljaju se podaci o inkubaciji te se prati rast i razvoj mladunaca do njihove prve godine života. Nakon toga mladunci se zajedno s odraslim ženkama vraćaju u prirodu, na isto mjesto odakle su privremeno prikupljeni.

PRIMORSKA GUŠTERICA – Genomički aspekti brze evolucije primorske gušterice ( Podarcis sicula)
Cilj projekta je dokazivanje genetskog nasljeđivanja promjena probavnog sustava primorske gušterice, s lokaliteta Lastovskog arhipelaga, kako bi se objasnio prelazak s prehrane kukcima na prehranu biljkama – je li u pitanju samo prilagodba trenutačnim prilikama ili evolucijska promjena.

PROTEUS – PROJEKT ZAŠTITE ČOVJEČJE RIBICE (Proteus anguinus)
U sklopu ovog projekta Zoološki vrt provodi zaštitu čovječe ribice izvan njezinog prirodnog staništa. Njihovim držanjem u zoo vrtu pokušava se otkriti uspješan način držanja i razmnožavanja u zatočeništvu za potrebe ponovnog naseljavanja (reintrodukcije) u prirodno stanište. Također se prati zdravstveno stanje životinja i stječe bolje saznanje o bolestima koje ugrožavaju ovu vrstu. Cilj projekta je poboljšati općenito znanje o vrsti, što će omogućiti bolju izradu plana upravljanja vrstom s akcijskim planom zaštite čovječje ribice u Hrvatskoj.

PROJEKT ZAŠTITE PLANINSKOG ŽUTOKRUGA (Vipera ursinii) 
Cilj projekta je precizno određivanje rasprostranjenosti i izrada odgovarajućeg programa praćenja ove rijetke vrste u prirodi. Zoološki vrt grada Zagreba uključio se u projekt kroz izlaganje jedinki ove vrste, u sklopu izložbe Prihvati izazov – upoznaj zmije Hrvatske. Izložba je postavljena s ciljem edukacije posjetitelja o autohtonim vrstama zmija u Hrvatskoj, o važnosti njihove zaštite i očuvanja, kako bi se predrasude zamijenile znanjem. Također su se unutar Zoo vrta vršila istraživanja završnog stadija razmnožavanja jedinki te ranog razvoja mladunaca.

ISTRAŽIVANJE BIOLOGIJE VRSTE DINARSKI VOLUHAR (Dinaromys bogdanovi)
Držanjem jedinki dinarskog voluhara u prostorima Zoološkog vrta, dane su mogućnosti za provođenje specifičnih bioloških istraživanja. S obzirom da se radi o rijetkom endemskom sisavcu, kojemu je status ugroženosti nedovoljno poznat, doprinos ovih istraživanja zaštiti, upravljanju te poznavanju ugroženosti vrste od velikog je značaja.

OJAČAVANJE POPULACIJE CRVENE VJEVERICE (Sciurus vulgaris) U PARKU PERIVOJ ZRINSKIH, ČAKOVEC
Puštanjem uzgojenih jedinki povećava se broj vjeverica u perivoju, a time se stvara jaka populacija koja bi bila u stanju izdržati potencijalnu pojavu invazivne sive vjeverice (Sciurus carolinensis). Također cilj ovog projekta je podizanje razine svijesti i eukacija građana Čakovca o potrebi očuvanja biološke raznolikosti te njihovo aktivno uključivanje u samu zaštitu.

URBANA BIORAZNOLIKOST